Ново-Афонский монастырь был построен в 1875 году монахами монастыря святого Пантелеимона со Старого Афона. Во время Русско-турецкой войны (1877—1878) монастырь подвергся разорению и разграблению. В 1880 году началось восстановление обители, продолжавшееся 20 лет. Монастырь был построен у древнего храма апостола Симона Кананита, где под спудом почивают его святые мощи. В период грузино-абхазского конфликта 1992—1993 гг. в монастыре размещался военный госпиталь. Возвращён верующим в 1994 году. 10 февраля 2011 года Правительство Абхазии передало монастырь Абхазской православной церкви в безвозмездное и бессрочное пользование.